La Sezione si occupa soprattutto delle attività inerenti al servizio agli studiosi nelle sale di consultazione dei libri stampati, che sono le seguenti: la Sala Leonina (che ospita circa 56.000 volumi) con 104 posti a sedere e due schedari cartacei (alfabetico e topografico), l'adiacente Sala Leonina Minore (che ospita circa 15.000 volumi), e la Sala Periodici, inaugurata nel 2002, con 32 posti a sedere, dove si possono consultare direttamente 949 riviste scientifiche per un totale di 32.000 volumi. Nell’ottobre 2017 è stata aperta un’altra sala di consultazione: il Salone Sistino (che ospita circa 28.000 volumi), con 24 posti a sedere.

I depositi sono situati nei due lati del Cortile del Belvedere e gli scaffali si estendono per circa 50 chilometri; le monografie sono distribuite su 6 livelli dell'ala orientale, detta «Braccio di Giulio II», e i periodici su 3 piani all'interno del parallelo «Braccio di Pio IV». Il magazzino delle monografie fu ricavato, durante il pontificato di Pio XI (1922-1939), dalle antiche scuderie e da locali soprastanti; quello dei periodici, inaugurato nel 1971 e completamente ristrutturato nel 2010, fu ricavato da una galleria prima utilizzata come

ricovero di carrozze (Autorimessa nobile). Recentemente sono stati allestiti come magazzini alcuni locali in una sede distaccata in Via della Conciliazione per i Fondi che non trovano spazio nella sede storica della Biblioteca.

Il personale della Sezione verifica periodicamente la presenza dei volumi e la loro corretta disposizione nelle sale di consultazione. In passato questa fondamentale operazione di controllo e riordino dei libri veniva effettuata attraverso lo schedario cartaceo topografico; da qualche anno la revisione avviene con l'ausilio delle applicazioni del «Progetto sicurezza»: un'antenna collegata a un computer rileva la presenza del libro e la sua corretta disposizione sullo scaffale attraverso la lettura di un microchip (che contiene alcune informazioni catalografiche dell'opera) all'interno di una etichetta applicata nel volume. Questo progetto, realizzato in stretta collaborazione con la Sezione Catalogo e con il Coordinamento dei Servizi informatici, permette il «Controllo elettronico del materiale librario» attraverso la tecnologia RFID (Radio Frequency IDentification, identificazione a radio frequenza) e consente di seguire lo spostamento dei libri nei vari ambienti della Biblioteca.

Gli sviluppi tecnologici hanno apportato radicali cambiamenti nelle modalità di effetuare la ricerca; dallo schedario cartaceo si è passati, verso la fine degli anni Ottanta del secolo scorso, al catalogo elettronico (OPAC), consultabile anche dall'esterno della Biblioteca, attraverso internet. Gli studiosi sono inoltre abilitati a collegarsi dalla loro postazione nelle sale di consultazione alla rete interna della Biblioteca, attraverso il proprio personal computer, in modalità Wi-Fi.

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